经过大量的临床观察，手足口病疫苗没有严重的不良反应，只有少数的孩子会有以下不良反应：
一、局部不良反应，少数孩子在接种疫苗之后，数小时或24小时之内接种部位出现红、肿、疼痛、硬结、肿胀、发痒等症状，一般不严重，持续约三天左右，可自行消退。
二、全身不良反应，一般在接种疫苗24小时之内出现，一般为低热，很少超过38.5℃，持续1-2天，可自行消退，部分宝宝伴有恶心、呕吐、腹泻等症状，持续2-3天，不需要担心和用药，可用温水擦身，进行物理降温，同时多饮水，任何疫苗接种都应在接种完疫苗之后，在医院观察半小时，以防出现过敏性休克，便于及时抢救。