蝶窦囊肿手术之前，会通过鼻窦内窥镜、鼻窦CT，明确蝶窦囊肿的大小。一般手术是选择全麻，在鼻窦内窥镜下进行。术中要找到蝶窦，将蝶窦口打开，观察蝶窦囊肿的整个范围，将蝶窦囊肿能够完整切除。
切除以后，术后要定期进行1-2次复查，主要是观察蝶窦的开口，不要将蝶窦开口闭合长上，这样基本就没有特别需要注意的。
但是，有极少部分人蝶窦囊肿可能会复发，所以在手术的过程当中，尽量应该将蝶窦囊肿的皮切干净，但是这个也不能完全保证所有的100%不复发。