核磁共振检查对软组织的分辨率比较高，所以检查范围比较广泛，可以用于检查头部的疾病，比如判断头部是否有炎症、肿瘤、脓肿、寄生虫病，也可以判断是否有脑梗塞或者脑出血，以及其他的脑血管病病人。
在做乳腺的核磁共振检查时，可以判断乳腺的占位性病变，也可以做腹部的核磁共振检查，比如肝脏、脾脏、胆囊、胰腺以及肾脏，还可以做妇科的核磁共振检查，比如判断子宫以及卵巢是否有占位性病变，同时核磁共振对全身软组织的病变，也都有诊断作用。随着技术发展的越来越好，核磁共振还可以用于心脏疾病的检查。