唇腭裂的病因包括遗传因素和环境因素，对唇腭裂的发生都会有影响。那么具体的病因虽然不是特别清楚，但是我们现在已经认识到，一定是有环境和遗传两方面的因素在起作用。遗传因素现在已经证实，很多与其他综合性畸形伴发的唇腭裂，可能会有很明确的基因的突变。而在非综合性唇腭裂，也就是单纯发生唇裂、腭裂，没有其他躯体部位畸形的患者，也可以检出到基因突变的存在。另外，还有唇腭裂高发的一些家系，在家族中会有唇腭裂的病人高发，就是唇腭裂发生一定是有遗传因素在起作用。环境因素和孕期母体对胎儿的影响，也都对唇腭裂的发生造成很大的影响。所以要在孕期的时候注意避免糖尿病、高血压这种妊娠期不良症状的发生，不要服用导致胎儿畸形的药物。孕妇要正常的良好的休息，以免对胎儿的发育造成影响。