甲胎蛋白异质体，对于伴有甲胎蛋白升高的原发性肝癌以及良性的肝病的鉴别诊断，具有重要的意义。甲胎蛋白是原发性肝癌的肿瘤标志物，但是在有些良性肝病中，甲胎蛋白水平也会升高。甲胎蛋白有三种异质体，其中AFPL1源于良性的肝病细胞，AFPL2源于孕妇，AFPL3源于肝癌细胞。所以检测AFPL3的百分比，对原发性肝癌的特异性诊断率可以达到95%以上，有助于鉴别甲胎蛋白阳性的良性以及恶性肝病，还可以有助于预警肝癌的发生，以及评价手术是否彻底。
治疗后AFPL3百分比正常的患者，存活率要高于百分比升高的患者。甲胎蛋白的正常参考值范围是小于25μg/L。当甲胎蛋白水平显著增高时，应该警惕是否患有原发性肝癌。但是在急慢性肝炎、肝硬化等良性肝病中，甲胎蛋白水平也会有不同程度的升高，但增高一般都是呈一过性，一般可以维持2-3周的时间，结合甲胎蛋白异质体的检测，对于诊断更有价值。