肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相同的感染性管道，引起肛瘘的主要原因是肛门周围感染，最常见的是直肠肛门周围脓肿，脓肿破溃或手术切开引流后由于引流不畅，脓肿沿肛门周围皮下组织扩散，反复发作，在肛门皮肤或直肠肛管黏膜层形成开口，即瘘管的外口和内口。
还有患者肛瘘继发于溃疡性结肠炎、直肠肛管肿瘤、克隆氏病等肠道疾病。不良的饮食和生活习惯也会诱发肛瘘，如长时间禁食辛辣、油腻性食物，引起患者出现便秘，久坐、熬夜、烟酒过度等，均可诱发肛门周围脓肿及肛瘘。