包茎对身体有很多不利的影响，包茎会使包皮垢在包皮腔内不容易被清洗到诱发包皮龟头炎，急性期表现为包皮阴茎头的红肿、充血、疼痛、瘙痒，并且可能出现流脓。慢性期有可能使包皮口进一步缩窄，影响排尿。
成人包茎的时候包皮不能上翻，可出现性交痛。如果强行被上翻，有可能形成嵌顿包茎，而嵌顿包茎如果自己不能及时手法复位，往往需要到医院看急诊。另外，包皮腔内长期的慢性包皮垢刺激，可以诱发阴茎癌的发生，包茎患者往往性生活时间比较短、龟头比较敏感、射精潜伏期也比较短，所以容易发生早泄。据研究包茎和包皮过长与很多性传播疾病，例如尖锐湿疣、HIV、梅毒、软下疳、生殖器疱疹等，都有明显的相关性。