扁平疣的去除方法，需要依据扁平疣的表现状态和面积的大小。如果是小面积，散在的几个扁平疣，可以使用冷冻的办法进行治疗，一般使用液氮冷冻。
如果扁平疣面积较大，散在的分布，而且分布范围较广，可以使用维A酸乳膏或者干扰素凝胶外涂，抗病毒和抗角化药物交替使用。同时，口服或者肌注抗病毒类的药物，提高人体免疫力类的药物，比如注射干扰素、卡介菌多糖，也可以口服转移因子等等。