热灌注化疗的副作用一般与全身化疗的副作用都差不多，但是比全身化疗的副作用轻。灌注化疗主要用于治疗恶性胸水和恶性腹水，通过热灌注化疗可以控制胸腔和腹腔内肿瘤细胞的生长，减少胸水和腹水的生成。　　热灌注化疗也有可能会引起恶心、呕吐、脱发、骨髓抑制、肝肾功能损害等副作用，但由于化疗药物吸收的比较缓慢，所以这些副作用跟全身化疗相比都比较轻微，大多数病人没有特殊反应。但有些化疗药物会对胸腔和腹腔局部产生刺激，从而产生轻度疼痛。