病毒性脑炎的临床常见症状，包括头疼、呕吐、轻微的意识障碍和人格改变、记忆力丧失、轻偏瘫、偏盲、失语、共济失调、多动，包括震颤、舞蹈样动作，还有肌阵挛、脑膜刺激征等。约1/3的患者出现全身性或部分性的癫痫发作，部分患者以精神行为异常为首发或唯一症状，而就诊于精神科，表现为注意力涣散、反应迟钝、言语减少、情感的淡漠、表情痴呆、呆坐或卧床、行动懒散，甚至不能生活自理，或者表现出木僵，会有动作增多、行为奇特、极易冲动的行为，病情常在数日内快速进展。多数患者有意识障碍，表现意识模糊或谵妄，随病情加重，可出现嗜睡、昏睡、昏迷，或者是去皮质状态。部分患者在疾病早期迅速出现昏迷，重症患者可因广泛脑实质坏死或脑水肿，引起颅内压增高，甚至脑疝形成而死亡。