冠状动脉并发症是影响预后最关键的因素。静脉高效免疫球蛋白在临床使用前，冠状动脉病变发生率为20-25%，使用后已大幅降至2%-8%。有冠状动脉病变者多数仅有一过性冠状动脉扩张，少数出现冠状动脉瘤。冠状动脉主干及左前支最常受累。正常冠状动脉内径为3岁以内是＜2.5mm，3-9岁＜3mm，9-14岁＜3.5mm。应用二维彩超如发现冠状动脉内径大于上述相应的年龄的正常值即为扩张。