病人出现门静脉血栓会表现出腹痛、腹胀、腹水这些临床表现，治疗要进行抗凝和溶栓的治疗，抗凝主要选择低分子肝素每公斤体重100-200单位皮下注射，能够有效地使血栓变小，不让血栓继续发展。
同时也要进行溶栓治疗，溶栓主要采用静脉溶栓的方法，尿激酶或链激酶对于血栓有溶解作用，使血栓进一步的减小。
保守治疗对于病人缓解程度并不理想，可以进行手术治疗，手术主要通过介入手术，通过肝脏进行门静脉置管，将血栓从血管中拉出，能够有效地使门静脉的血栓减少，减轻血栓的负荷，会对病人恢复非常有效。