甲状舌骨囊肿在一般情况下不会癌变，如果患者局部出现压迫症状或症状明显时，建议及时手术切除治疗。
甲状舌管囊肿通常是由于甲状舌管异常，是甲状舌管局限性持续存在的结果，可以窦道的形式通往舌盲口或通往胸骨上切迹皮肤组织。
也可以表现为盲管结构，被覆上皮分泌可造成囊性扩张，当囊性改变突出时称作甲状舌管囊肿，位于颈中线舌骨区。
通常在显微镜下囊肿被覆假复层纤毛柱状上皮或鳞状上皮，周边间质可见黏液腺和甲状腺滤泡，常常继发炎症，尤其是伴有窦道病例，间质有炎细胞浸润。
存在于甲状舌管异常中的甲状腺组织可以发生恶性变，几乎是恶变为乳头状癌，手术切除治疗后预后极好，无需切除甲状腺。因此甲状舌骨囊肿通常不会癌变，一定建议患者要密切随诊、以防复发。