植物神经紊乱，发病常与心理、社会应激因素有一定的关系，有一部分患者也有可能是由于遗传因素、性别因素和生物因素所引起。植物神经紊乱的基本的病因包括心理因素、社会因素，例如长期紧张、焦虑、心理压力过大，以及生气和精神受到刺激等等。
家族性的自主神经失调症是一种少见的遗传性疾患，它是一种常染色体隐性遗传性疾病，是植物神经紊乱遗传因素的主要形成机制。另外，由于女性性腺的内分泌和某些生理过程的因素，导致植物神经功能紊乱的发病率较男性要高许多。此外，颅内的感染、肿瘤、外伤、出血、中毒、营养、代谢等等因素，都可以导致植物神经功能紊乱。