细菌性阴道炎如果不进行治疗，对于妊娠期的妇女，可以导致绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产，非妊娠期妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎、子宫切除术后的阴道顶端感染等。所以，对于细菌性阴道炎，建议不论是妊娠期女性，还是非妊娠期女性，均需要采取积极的治疗。
细菌性阴道炎主要是由于阴道内的多种微生物产生一些酶类和有机酸，破坏宿主的防御机制，比如溶解宫颈黏液，促进微生物进入上生殖道引起的炎症，但微生物群发生改变的机制不是很清楚，可能和多个性伴侣、频繁性交和阴道盥洗使阴道碱化有关。治疗方法上可以选用抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑和克林霉素。甲硝唑可抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌生长，是比较理想的治疗药物，但对于支原体治疗的效果比较差。用法方法包括口服药物和局部药物治疗，两种用药方法疗效相似，治愈率均可以达到80%左右，性伴侣通常不需要进行常规的治疗。