子宫内膜异位症的发病原因至今不是很明确，一种说法是种植学说，也就是经血逆流，月经血含有子宫内膜的血液通过输卵管，逆流进入到腹腔，在腹腔内种植或者种植于卵巢和其他的盆腔腹膜，并且生长蔓延形成盆腔的子宫内膜异位症。淋巴以及静脉的转移，子宫内膜也可以通过淋巴以及静脉向远处播散发生异位种植，还有剖宫产，剖宫产术后可以使子宫内膜细胞的脱落，在剖宫产的刀口，或者会阴部出现子宫内膜异位，都是种植的学说。还有遗传的因素，炎症和免疫因素都会出现子宫内膜异位症。