滴虫性阴道炎同时可有尿道炎、尿道旁腺、前庭大腺滴虫的感染，因此治愈此病需要全身用药主要的治疗药物为甲硝唑及替硝唑。初始治疗可选择甲硝唑2g，单次口服或者替硝唑2g，单次口服，甲硝唑400㎎，每日两次，连服7日。口服药的治愈率为90%-95%。服药后偶见胃肠道反应的如食欲减退、恶心、呕吐。此外偶尔有头痛、皮疹、白细胞减少等，一旦发现可以停药。滴虫性阴道炎主要由性行为传播，性伴侣应同时进行治疗，并告知患者及性伴侣治愈前应避免无保护的性生活。治疗中有复发症状的病例，多数为重复感染。为避免重复感染，内裤及洗涤用的毛巾应煮沸5-10分钟以消灭病原体，并针对其性伴侣进行治疗。因滴虫性阴道炎可合并其它性传播疾病，应注意有无其它性传播的疾病。