对于肥厚型心肌病的治疗，如果室间隔的肥厚不明显，没有造成左室流出道的梗阻，没有明显的临床症状，可以继续观察，应该避免剧烈的运动，比如竞技性的体育项目，否则可能会诱发猝死，应该避免使用洋地黄类药物、硝酸甘油等药物进行治疗，首选β受体阻滞剂、非二氢吡啶类钙离子拮抗剂进行治疗。
对于出现心力衰竭的患者，可以选用利尿剂和扩血管药物进行治疗。对于存在有心律失常的患者，需要使用抗心律失常药物进行治疗。对药物治疗无效的患者，可以考虑室间隔的切除术或者是心肌的化学消融术，可以考虑心脏的双腔起搏器治疗。对于有猝死病史的患者或高危患者，还可以考虑植入心脏复律除颤器。