沙眼衣原体阳性只能说明从检验物中，发现了沙眼衣原体病原微生物，并不能直接提示是什么病。沙眼衣原体是一种比细菌小比病毒大的单核生物，分为多个血清型，不同的血型可在人体引发不同器官的不同病变。如果是眼睛感染了沙眼衣原体，就容易得急性沙眼，是一种结膜组织的急性传染性炎症，早期症状类似于急性细菌性结膜炎，处理不及时或者病情迁延不愈，容易发展成为慢性沙眼，可以对眼表组织造成器质性损害，并留下永久的后遗症。如果是泌尿生殖系统感染了沙眼衣原体，也容易引起相应的炎症，生殖道感染沙眼衣原体容易引起肉芽肿性炎症，女性容易造成不孕不育、流产等。泌尿系统感染了沙眼衣原体容易得非淋菌性尿道炎，主要是使用抗生素类药物进行抗感染治疗，主要对四环素、多西环素、红霉素、氯霉素比较敏感。