肺脓肿确诊后，手术不作为首选的治疗方法，首选内科保守治疗和积极有效的抗生素治疗。由于肺脓肿的致病菌多有厌氧菌的存在，所以选择的抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等。
同时完善痰培养的检查，可根据药敏结果试验更换抗生素，必要时两种药物联合应用。除使用抗生素治疗外，还要注意痰液的引流，包括体位引流和使用祛痰药物，常用的祛痰药物包括氨溴索、桉柠蒎、乙酰半胱氨酸等。
经过上述治疗无效的情况下，还可以可以考虑支气管镜介入的治疗，能够促进痰液进一步的引流，也可以局部给药。