临床上测定碱性磷酸酶主要用于骨骼、肝胆系统疾病的诊断及鉴别诊断，尤其是黄疸的鉴别诊断。对于不明原因的胆碱酯酶血清水平高可以测定同工酶，以协助明确其器官的来源。碱性磷酸酶高主要表现为生理性偏高和病理性偏高。
儿童在生理期的骨骼发育期，碱性磷酸酶活力比正常人高1-2倍，生长期青少年、孕妇和进食脂肪含量高的食物均会引起升高。病理性升高主要见于骨骼疾病，比如佝偻病、骨恶性肿瘤、恶性肿瘤的骨转移等；肝胆系统疾病，比如肝癌、肝硬化、毛细胆管性肝炎等；其他系统疾病，比如甲状旁腺机能亢进，也会引起升高。