胸腺肽肠溶片是免疫增强剂，此药上市后的不良反应报告显示，在医生的指导下合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。个别患者使用后会出现恶心、发热、头晕、胸闷、无力等不良反应，少数患者偶有嗜睡感，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
慢性乙型肝炎患者使用时，会有血清转氨酶水平短暂上升。如果没有肝衰竭的预兆，可以继续使用。极个别患者会有轻微的过敏反应，停药后症状可消失。对此药过敏、器官移植者、胸腺功能亢进、胸腺肿瘤患者禁用。此药属于处方药，须在医生的指导下合理使用，遵医嘱用药。