顾名思义，霉菌性龟头炎就是由霉菌感染引起，应用抗霉菌的药物就可以了。临床上主要就是外用抗真菌的药物，比如酮康唑乳膏、复方伊曲康唑软膏等，就可以应用。一般先用清水把龟头、包皮内部进行清洗，洗干净以后涂抹这些抗真菌的软膏进行治疗。需要注意的是，霉菌性龟头炎通常是由女性霉菌性阴道炎交叉感染引起，所以女性也需要进行治疗。
在治疗期间，夫妻双方应该避免性生活，注意清洁、卫生。