灌肠可以治疗很多疾病，比方肠梗阻，在肠梗阻的情况下，由于肠道机械性梗阻、化学性梗阻，都容易出现大便不通，在这种情况下采取的办法就是禁食、补液，然后进行灌肠，灌肠的目的是要肠道通畅，这样消化道才能正常工作。再一个是经常便秘，出现便秘问题很多的人，如果是经常好几天不大便，也可以采取灌肠的办法进行治疗。
其次是溃疡性结肠炎，溃疡性结肠炎在很大程度上，尤其是直乙结肠的溃疡都可以用灌肠的办法加口服药进行治疗，这样在很大程度上会缓解溃疡病，取得较好的疗效。在灌肠治疗的过程中也要注意，灌肠液一般的温度要适合，肠道的温度一般情况下在35℃左右，太凉对肠道刺激，太热同样也刺激。所以，无论是用药还是用灌肠液都要注意这些问题。