对于先天性巨结肠主要采用手术治疗的方式，切除先天性巨结肠狭窄段才能缓解症状。对于先天性巨结肠是一种消化道的结构畸形，主要是指孩子有一部分肠管里面没有一些神经节细胞，所以局部肠管不能自然扩张，因此孩子的大便就会堆积在狭窄的肠管之上，大便越积越多，结肠就会增粗、增大。
因为有狭窄段存在，所以大便没有办法自行排出，就会表现为排便间隔时间延长、便秘等等表现，只有通过灌肠等进行通便的处理，才能导致孩子大量的排气、排便。因此，对于先天性巨结肠只要确诊，孩子不能自行缓解，只能通过手术的方式把这一段病变的肠管切掉，然后再做肠管吻合，之后能够正常的排便，才能缓解症状。