智齿如果发育良好，有良好的咬合关系，不拔是没有危害的，因为发育良好的智齿就是正常的牙齿，没有任何危害。
临床上大部分智齿会出现问题，是由于口腔内牙齿的萌出空间不足，会造成智齿倾斜生长和水平生长的现象，倾斜生长和水平生长的现象容易造成一系列的问题，比如倾斜生长的智齿，可以在冠周存留大量的食物残渣以及细菌，最后形成常见的智齿冠周炎而引起剧烈的疼痛，有时会引起周围组织的间隙感染，甚至菌血症、败血症等。
智齿的倾斜生长会向前有生长的萌出力，可以使前一颗牙齿产生龋坏，同时也会使整个牙列变得拥挤，这些都是不拔智齿而产生的危害。