对于乙脑而言，是一种灭活疫苗，不良反应要稍高于其他的疫苗，大部分的患者可以出现发热，大约比例在10%左右，但一般都是中等程度以下的发热，不超过39℃，持续两天左右，还会有部分的患者出现过敏，表现为皮疹和皮肤的瘙痒。
有些患者可以出现如消化道感染的症状，比如腹痛、腹胀、呕吐、腹泻，最后有些患者可以出现感冒样的症状，比如鼻塞、流鼻涕、咽痛等。对于乙脑疫苗，还有少见的不良反应，包括白细胞的减少、淋巴结的肿大等。