巧囊手术以后怀孕几率的大小，要根据手术的情况来决定。如果做完手术以后没有出现粘连的情况，并且双侧卵巢恢复的也很好，双侧输卵管也没有粘连、堵塞，怀孕的几率还是比较大的。如果巧囊手术以后出现卵巢功能下降，就是说卵巢排卵减少或者出现盆腔周围组织粘连，怀孕几率就会大大下降，因为巧克力囊肿是最容易引起盆腔粘连的一种疾病，就是子宫内膜异位症，这种疾病对怀孕的影响是非常明显的。这种手术以后可以连续应用3个月抑制排卵的药物，接着备孕，如果备孕1年没有怀孕，怀孕的几率就更低，建议做试管婴儿。