肾脏小结石如果没有症状、积水，通常是采用非手术治疗。
首先，是纠正结石的易发因素，根据24小时尿成分分析以及血生化检查，调整饮食结构和饮水习惯，控制BMI，也就是体重指数低于25kg/m^2，使24小时尿量维持在2000mL以上。对于高尿钙患者限盐，保证每日钙的摄入量1000mg，少吃富含草酸的食物，适当运动，如果出现症状，或者结石增大造成梗阻，则需采取外科治疗措施，包括体外碎石以及输尿管软镜。
其次，对于一些特殊成分的结石，也可以采用药物治疗，比如尿酸结石，可以服用一些降尿酸的药物，或者口服枸橼酸氢钾钠、别嘌呤醇、碳酸氢钠。
然后，对于高钾血症者可以选择碳酸氢钠，或者是枸橼酸钠。胱氨酸结石患者，也可以口服枸橼酸氢钾钠，或者使用硫普罗宁以及卡托普利。
感染性结石可以根据细菌培养结果，选择敏感抗生素，另外，可以口服氯化铵来酸化尿液。肾脏小结石，即便没有症状也应该定期复查。