CT和MRI是两种完全不同的检查方式，区别大概有以下几点：
第一、CT是利用人体的各个组织在放射线下显现出不同的密度，进行对比成像，它对人体进行横断面扫描，检查之后可以利用计算机在进行三维成像。而核磁共振是另外加磁场对人体进行成像，可以对检查部位做横断面、冠状面，以及矢状面等任意切面的检查，还可以采用不同的序列进行成像，比如T1加权像、T2加权像、弥散成像、脂肪抑制、水成像以及功能成像等方式。
第二、检查的适应症不同，CT更适合于头部胸部以及骨骼系统的检查，而核磁共振适合于头部，腹部以及其他部位软组织的检查。