小儿神经官能症的临床表现可以多种多样，主要包括有焦虑、恐惧、强迫观念和行为，对自身健康的过分担心，或者是抑郁、悲伤等等。有些患者还可以伴有明显睡眠障碍，以及头疼、头晕等自主神经功能紊乱的相关症状。
不同的神经官能症的症状可以有所不同，比如焦虑症的孩子，对未来可能发生难以预料的某种危险，或者是不幸事件经常担心。对于恐惧症的孩子，可能会经常认为处于难以逃离、无法获救的环境当中，而感到恐惧不安。对于有社交恐惧的孩子，可能会在人多的时候，患者会觉得更加拘束、烦躁不安，常常不愿与其他陌生人进行接触。