左侧后脑勺一跳一跳的疼痛，主要的疾病因素可能是颅内的疾病、颅外的疾病和神经官能症等，颅内的疾病例如颅内感染性的疾病、颅内血管性的疾病、颅内占位性的疾病，都可以导致左侧后脑勺一跳一跳的疼痛，例如颅内的病毒感染会有以上的症状。
颅内的一些血管的出血或者大面积的脑梗，都可以出现左侧后脑勺一跳一跳的疼。颅外的疾病例如神经痛、颞动脉炎，眼、耳、鼻、牙源性的头痛，神经官能症方面，如一些神经衰弱、癔病、睡眠不足引起的头疼，也可以使左侧后脑勺一跳一跳的疼。