儿童尿路感染最常使用的是磺胺类药物，这种药对大多数的大肠杆菌有较强的抑菌作用，它在尿中的溶解度比较高，不易产生耐药性，而且价格便宜。
服用这类药一定要给患儿多饮水，不然容易形成结晶，影响肾脏功能。还可以吃吡哌酸，吡哌酸对大肠杆菌感染引起的小儿尿路感染疗效特别好。还有呋喃坦啶或者氟哌酸，氟哌酸是喹诺酮类广谱抗生素，对革兰氏阴性阳性菌都可以有较强它抗菌作用，但是幼儿不可使用。
还有氨苄青霉素和先锋霉素，这些药小孩都可以使用。现在还有復安欣，就是磷霉素氨丁三醇散，整个原形从尿液排出，对所有人的泌尿系感染，疗效都非常显著。