肺炎衣原体对四环素类、红霉素、氟喹诺酮类药物都具有较高的敏感度，对磺胺类药物耐药，故常用四环素或者红霉素进行口服，也可以用多西环素。孕妇、哺乳期的妇女及儿童禁用四环素及氟喹诺酮类的药物。如果是儿童，可以应用克拉霉素，这个药物也具有较好的疗效，部分病例停药后可以复发，尤其是用红霉素治疗者，再用多西环素治疗仍然有效。近些年来发现新型的大环内酯类的抗生素，阿奇霉素，在体外药敏试验时，对肺炎衣原体呈现高敏反应，易进入细胞内，具有高效和低胃肠道反应的优点，建议患者应用阿奇霉素，一般治疗时间为5天。