真菌感染引起的甲癣因药物不易进入到甲板，且甲生长缓慢，故治疗比较困难，外用药物治疗常用于表浅的和单纯远端损害，可先尽量祛除病甲，再外用30%冰醋酸溶液或3%-5%碘汀，每天2次，疗程3-6个月，直到新甲生长为止，也可以采用40%尿素软膏封包使病甲软化剥离，再外用抗真菌制剂，8%环吡酮、5%阿莫罗芬甲涂剂，可以在指甲的表面形成药膜，有利于药物穿透甲板。手术拔甲痛苦及损伤都太大，目前采用的比较少。内用药物治疗可以选择伊曲康唑间歇冲击疗法，400mg每天分2次口服，每月服药1周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。