真菌性甲沟炎治疗早期可以用理疗、热敷、外敷油脂软膏或者三黄散等。口服抗生素，严重时需要静脉输液治疗，必要时使用抗真菌的药物治疗，已经有脓液的可以在甲沟处做切开引流。感染如果已经累及到指甲基基部皮下周围时，可在两侧的甲沟个做重型的切口，将甲根上皮翻起，切除指甲的根部，如果已经积脓，可以将指甲拔去或将这种脓腔上的指甲剪去，拔甲的时候应该避免损伤甲床以免日后新生的指甲发生畸形。