血清碱性磷酸酶偏低时，可见于重症的慢性肾炎、儿童甲状腺机能不全、贫血等。碱性磷酸酶的正常值，女性是50-135U/L，男性是45-125U/L，碱性磷酸酶出现偏低的情况比较少。临床上测定碱性磷酸酶主要用于骨骼、肝胆系统疾病的诊断和鉴别诊断，尤其是黄疸的鉴别诊断。
对于不明原因的较高水平的碱性磷酸酶，可测定同工酶，以协助明确其器官来源。儿童在生理性的骨骼发育期，血性磷酸酶活力可以比正常值高1-2倍。处于生长期的青少年、孕妇，以及进食脂肪含量高的食物后均可以升高，病理性的升高见于骨骼疾病、肝胆疾病。