阿托品是抗胆碱能的药物，主要阻断M胆碱受体，在临床上随剂量的增加，可以出现瞳孔散大和调节麻痹、腺体分泌减少、膀胱和胃肠道平滑肌松弛、心率加快、血管扩张和中枢兴奋等作用，所以在临床上使用方面会有禁忌：
第一、在眼科，如果患者前房浅、房角窄，这些患者使用阿托品之后有可能出现眼压升高，而有诱发青光眼急性发作的危险。所以，阿托品这类散瞳药在前房浅的患者中禁用。
第二、因为会引起平滑肌的松弛，所以前列腺肥大、尿潴留的患者不能使用，会加重症状。
第三、具有精神类系统疾病的病人要慎用，因为噻嗪类的、抗精神类的药物也有抗胆碱能的作用，联合使用会导致阿托品的副作用加重。
第四、会引起心率加快、中枢神经系统兴奋，所以对于心脏功能异常的患者也要慎用，孕妇和儿童、老年人也要慎用。
使用阿托品之后因为瞳孔散大，患者会出现看近处模糊的情况，所以如果患者开车或近距离工作的时候，要提高注意力。瞳孔散大之后患者会有畏光的表现，出门可以给予墨镜，减少光线的射入。