生殖器疱疹破溃以后可以选择外用药物治疗加内用药物治疗，外用药物以收敛、干燥和防治继发感染为主，可以选择3%的阿昔洛韦软膏、1%的喷昔洛韦乳膏或牛黄炉甘石洗剂，继发感染时可以选用0.5%的新霉素霜、莫匹罗星软膏。口服药物对于初发型的可以选择阿昔洛韦200mg每日5次或400mg每日3次口服，或伐昔洛韦1000mg每日2次口服，或泛昔洛韦250mg每日3次口服，疗程均为7-10天。对于复发型的患者可以采用阿昔洛韦200mg每日5次或者400mg每日3次口服，或者伐昔洛韦500mg每日1-2次口服。