间隔缺损的患者如果缺损小，预后良好，仅仅是轻微增加了发生感染性心内膜炎的风险，如果缺损大有常见以下几个危害，
第一，心脏容量负荷增加，最终出现充血性心力衰竭。
第二，长期肺部的充血，患者容易发生呼吸道的感染。
第三，由于肺血流量的增多，导致了肺小动脉的保护性收缩，增加了肺血管床的阻力，长久下去可以产生不可逆的肺血管阻力的增高，最后导致肺动脉压力的升高。
第四，由于心脏的扩大和室缺血流的影响，心脏的瓣膜可以发生关闭不全，这样会进一步加重心脏的负担。
第五，跨隔血流的高速运动可以导致局部心内膜的损伤和湍流。
第六，心脏杂音带来的困扰。第七，容易并发感染性心内膜炎。