乙型脑炎属于病毒性脑炎，目前尚没有特效的抗病毒药物，早期时可以适用利巴韦林或者干扰素。目前治疗主要采用对症和支持治疗，首先要保持体内水和电解质平衡，密切观察病情变化，重点处理高热、抽搐、控制脑水肿，以及监测孩子心肺功能，避免出现心力衰竭和呼吸衰竭等危重症状，降低死亡率，减少后遗症发生。
一般治疗主要是让孩子隔离，处于防蚊病房当中，同时要注意保持口腔卫生。对于昏迷的孩子要及时翻身、拍背、吸痰，以免继发肺部感染以及褥疮等。对于有抽搐者要及时给予镇静，有颅内压增高者要及时给予降颅压。对于有离子紊乱的情况下，及时补充离子，纠正离子紊乱，昏迷者要采用鼻饲的疗法。一般流脑治疗周期是3-7周，如果病情严重，疗程可能还要再延长。