射波刀用于治疗肝癌的危害相对比较小，主要危害是在肝癌治疗过程中有可能会导致消化系统的异常，包括出现恶心、消化不良、腹胀、不适等症状。另外，就是导致肝损伤，因为它属于射线，可对肿瘤进行杀灭，在照射的过程中也有可能会对周边的正常肝脏造成损伤，造成肝炎的情况发生，但其他危害比较小。
对肝脏周边的损伤目前也越来越小，因为射波刀能够准确定位到肿瘤的部位并进行射线治疗，针对周边的部位损伤较小。目前有最新能够引导射线，跟随着呼吸运动和调整的方法，此时就避免了呼吸时随着肝脏运动、肝癌移动，而导致射线对周边正常的肝脏损伤。所以，在最新的调整以后，对周边的肝脏组织损伤就更小。总体来说，其危害比较小，副作用也比较小。