胎儿先天性心脏病发生原因，目前并没有非常明确的病因学方面的解释。但是还是能找到所谓的风险因素：
第一、在怀孕的前三个月期间妈妈感染了特定的病毒，比如风疹病毒，有时容易出现胎儿的各种各样的先天性心脏病。
第二、胎儿合并有染色体方面的畸形，比如出现了21-三体综合征，也会出现先天性心脏病的表现。
第三、出现了基因方面的缺失，比如出现了某个基因片段的缺失。
第四、妈妈在怀孕的时候接触了特定的化学物质，如苯等有毒化学物质，也会导致胎儿先天性心脏病的发生。
但是是否就一定会确切的造成这种原因，目前并没有定论。