沙眼包括急性期的并发症，急性期的治疗一般是敏感抗生素的应用，但是要注意有些抗生素可能会过敏，要避免使用过敏药物。如果合并有耳前淋巴结、颌下淋巴结的肿大，需要配合全身抗生素的治疗。对眼部的并发症，如严重的内翻倒睫，性病性淋巴肉芽肿引起的化脓性淋巴结炎、象皮肿等，沙眼是结膜炎的一种类型，由沙眼衣原体感染所致，曾经是一种多发的致盲性眼病。随着卫生条件和药物疗效的提高，严重沙眼极为罕见，治疗上可以用利福平滴眼液、红霉素眼膏等，可采用手术方法治疗。