感染了丙肝病毒后如果不治疗可出现肝脏的炎症损伤，疾病逐渐进展，出现肝纤维化、肝硬化甚至肝细胞癌。肝硬化和肝细胞癌是慢性丙型肝炎患者的主要死亡原因。
丙肝病毒感染慢性化比例高，有55%-85%的患者转为慢性丙型肝炎。与丙肝病毒相关的肝细胞癌发生率在感染丙肝病毒30年后为1%-3%，40岁以上男性有糖尿病、嗜酒、合并乙肝病毒感染可加速疾病进展。
一旦发展至肝硬化，肝细胞癌的年发生率为2%-4%，代偿期肝硬化10年生存率约为80%，如果出现失代偿10年生存率仅为25%。