性功能障碍包括性欲的障碍、勃起功能障碍以及射精功能障碍，临床上要针对不同的性功能障碍采用不同的治疗方案，比较常用的是心理疗法和行为疗法。
性功能障碍跟心理因素存在很大的关系，通过心理的疏导，让患者增强自己的信心，从而在某些程度上治疗性功能障碍。对于比较严重的性功能障碍，甚至存在器质性疾病所导致的性功能障碍，可能需要行为疗法甚至药物的干预，必要时采用手术治疗方案。
行为的疗法包括盆底肌的训练、动停技术和挤捏技术，改善性功能，延长性生活的时间。药物包括PDE5抑制剂、5-羟色胺再摄取抑制剂、局部的麻醉药、中成药物等等，均有一定的疗效，手术在临床上对于轻型的性功能障碍避免使用。