乳头状瘤的最有效治疗方法是手术切除，临床上如果能触及肿块的患者，手术切除病变导管送检即可。对于体检时摸不到肿块的患者，术前或者术中必须对病灶进行定位，术前可以依靠乳管镜在皮肤上进行标记，必要的时候乳管镜检查时可以置入金属定位线，为术中引导手术切除病灶打下良好的基础。
如果是在手术中，应该找到溢液乳管开口，放入探针或者注入蓝色染料，靠术中定位的患者应该嘱托患者不要挤压乳房，以免造成溢液排净，导致术中难以定位。中央型导管内乳头状瘤，如果手术切除范围合理，一般很少复发。周围型导管内乳头状瘤如果手术切除不彻底，常常可以导致肿瘤复发，手术应切除病变所在的腺叶，术后要注意定期的复查。