卵巢巧克力囊肿可以选择药物治疗，可以选择促性腺激素释放激素激动剂，能够抑制垂体分泌促性腺激素，导致卵巢激素水平明显下降，出现暂时性闭经。此疗法又称为药物性卵巢切除，可以选择亮丙瑞林3.75mg，月经第1日皮下注射后，每隔28日注射一次，共用3-6次。用药后第2个月开始出现闭经，能够使痛经缓解，停药后在短期内排卵可恢复。副作用主要有潮热、阴道干燥、性欲减退和骨质丢失等绝经的症状。停药后多可消失，但骨质丢失需要1年才能够逐渐恢复正常。因此在应用促性腺激素释放激素激动剂3-6个月时，可以酌情给予反向添加治疗，提高体内的雌激素水平，降低雌激素水平状态相关的血管症状和骨质丢失的发生。