巧克力囊肿是卵巢囊肿中的一种。区别是单纯的卵巢囊肿可能不会有疼痛。除非发现囊肿特别大，有卵巢瘤体扭转会出现这种疼痛，一般体检的时候能够发现。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势，用药一般不能够缓解。疼痛每个月都有，并且逐渐加重。所以区别是巧克力囊肿比卵巢囊肿疼的更严重一些。如果做肿瘤标志物检测的，可能巧克力囊肿是阳性的指征，而卵巢囊肿是良性，一般不会有异常，不会出现阳性的情况。所以区别就是疼痛，发生时间不同。