巧克力囊肿自愈的可能性不大，除非绝经月经不来了，卵巢巧克力囊肿可以慢慢自行吸收，自行消退。如果要是在生育年龄有巧克力囊肿，自愈的可能性不大，一般是没有的。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢而形成的。这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势。这个病的治疗，一般是通过手术来治疗，手术以后还容易复发。所以，巧克力囊肿不太好治，是医学上比较难治的疾病。并且巧克力囊肿要是用药物治疗，一般是用药物让它假绝经的疗法，让巧克力囊肿不再复发，不再疼痛。巧克力囊肿用了这个药以后，一般月经都会失调。所以，巧克力囊肿在生育年龄自愈的可能性没有，除非绝经了，巧克力囊肿可以自己慢慢去吸收。